La thérapie cognitive est efficace en cas de troubles émotionnels et/ou du comportement, quelque soit leur importance et leur origine. Certaines indications ont été prouvées par une ou plusieurs méta-analyses ou des essais randomisés de forte puissance statistique et dont les résultats convergent:

- troubles anxieux
- attaques de panique
- phobies sociales, stress
- troubles de la mémoire
- agoraphobie
- obsession-compulsions
- refus scolaire
- syndrome de stress post-traumatique
- dépressions d’intensité moyenne, du sujet âgé et hospitalisées
- prévention du suicide
- trouble de la personnalité borderline chez les femmes
- syndrome de fatigue chronique
- insomnie
- alcoolisme et toxicomanies
- boulimie